南京大屠杀
南京大屠杀（英语：Nanjing Massacre；日语：南京事件、南京大虐殺、南京虐殺事件），是对于日本帝国军队在大日本帝国的侵华战争全面升级的初期占领中华民国首都南京后，对当地居民实施的有组织、有计划、有预谋的大规模屠杀、强奸以及纵火、抢劫等一系列战争罪行与反人类罪行的统称。
日军的暴行从1937年12月13日攻占南京开始持续6周以上，直至1938年2月。据第二次世界大战结束后远东国际军事法庭和南京军事法庭的有关判决和调查，在大屠杀中有20万以上至30万中国平民和战俘遭到日军杀害，在大屠杀第一个月约2万中国妇女遭日军奸杀，南京城三分之一的建筑被日军纵火烧毁。
1945年日本投降后，由于大多数关于屠杀的日本军事记录都是保密的，或者在盟军接收前就已被销毁，历史学家一直无法准确估计大屠杀的死亡人数。1948年远东国际军事法庭和南京军事法庭估计南京大屠杀中有超过20万的中国人被日军杀害。在中国，自1947年南京军事法庭审判以来，认为约有30万人在大屠杀中遇难。
自20世纪80年代以来，学者们就一直在争论死亡人数这一事件；且这也是一个有争议的政治问题，也是中日关系中的一个障碍，围绕大屠杀的争议仍然是东亚地区国家间关系的中心问题。
目录
概述
南京大屠杀是抗日战争时期日军对中国实施的一次规模最大、持续时间最长的烧杀淫掠暴行。又称“南京惨案”。
1937年7月，日本发动全面侵华战争。11月12日，攻陷上海。12月13日，占领南京。12月13日上午，谷寿夫率第6师团由光华门、雨花门进入南京城，中岛今朝吾等日军部队也相继进入南北市区，随即拉开了他们发扬日本所谓“武威”的帷幕。
日军残害南京军民的主要方式是以机枪集体屠杀。据战后中国审判战犯军事法庭查证，一次屠杀数百人以上的就有28起之多。12月13日，日军在中山、中央路一带残杀难民和中国军队伤病员数万人，街道顷刻血流成河。同日，约两万名难民和解除武装的中国军人逃至三汊河边，倒在了日军数十挺机枪的扫射之下。14日，日军在汉西门外屠杀难民和非武装军警7,000人，在太平门口枪杀战俘500余人。15日，在下关煤炭港河汊子口分批枪杀难民2,000余人。16日，在中山码头屠杀难民5,000余人。这天，日军将难民排成约千米长的队伍，每5人一组，倒背手捆绑着，每数十步置机枪一挺，自黄昏起开始屠杀，直至晚上10时。17日，在下关屠杀难民、战俘和电厂工人3,000人，在三汊河放生寺及慈幼院残杀难民和解除武装的军人数百名。18日，在下关草鞋峡屠杀中国军民57,418人。又在燕子矶及观音门一带包围、屠杀难民5万以上等。
与此同时，日军还以零星屠杀的方式，对广大和平居民实行频繁杀戮。三五成群的日本兵四处逞凶，见到中国人就杀，大街小巷到处是被害者的尸体。据一位叫铃木二郎的日本随军记者说，他在中华路励志社门前就险些被日军当成中国人加以杀害。对于南京市民来说，即使躲在家里不出门，也难逃被杀的厄运。初时，日军经常以清除中国军人为名，按地段逐街逐巷、挨门挨户进行搜捕，稍有不满和反抗就当场送命。凡是年轻力壮一点的，都被列入屠杀之列。后来又以颁发所谓“安居证”为诱饵，滥捕滥杀无辜居民。几乎是无地不可杀，无时不可杀，无事不可杀，无人不可杀。
据不完全统计，在整个南京大屠杀中，遭日军集体屠杀并焚尸灭迹的战俘和难民超过19万人，被零星屠杀经当时的慈善机关收埋尸骨的达15万余人，屠杀总数不低于34万，占当时南京总人口的34%以上。
至于日军杀人的手段，除枪杀外，还有砍头、劈脑、剖腹、活埋、火烧、水淹、肢解四肢等，可说是无所不用其极。成千上万的难民战俘，有的被日军浇上汽油，然后用机枪扫射，点燃大火，活活烧死；有的被剥光衣服，推入长江的冰水中，生生冻死；有的被绑在电线杆上，再在下面放火，慢慢烧死；有的被绑在石柱上，挖下眼睛，割去耳鼻，开膛剖肚，掏心取肺，然后烹而食之。有的被缚而杀，有的站着被砍，有的跪地被戮，有的先刑后杀，有的击伤后再勒死，有的枪毙后焚其尸，有的被用枪尖挑入火中活焚，有的被吊上树梢当靶子，或直接射杀，或专断绳索，使其堕地毙命而取乐。如此丧尽天良，闻所未闻。
除了疯狂屠杀，日军还对广大中国女性实施了最野蛮的强暴。据战后远东国际军事法庭调查，在日军占领南京后的一个月中，至少发生2万起奸淫中国女性的暴行。从普通士兵到高级军官乃至谷寿夫本人，都干过这种可耻的强暴勾当。他们不分昼夜，不择场合和地点，即使在大街上、公墓内，甚至日本大使馆门前也全然不顾。日军强暴妇女的惨状，也是世所罕见的。上至五六十岁的老妇，下至八九岁的幼女，只要遇上日军，便无一能够幸免。有的天天被集体轮奸，每天多达数十次。据一位美国传教士1938年1月3日记载，这天来到他的医院的一位中国妇女告诉他，这位中国妇女和另外4位妇女曾被日本兵抓进一家军队医院。日本兵白天要她们洗衣服，晚上就轮奸她们。她们中有两位每天晚上要被迫满足15～20人的兽欲，而长得最漂亮的那一位则要满足多达40个人。然而，对于中国妇女来说，日军的奸污并不是噩梦的结束。他们发泄完兽欲后，不是强迫父奸女、子奸母、兄妹相奸、活人奸女尸，就是用木棒或竹竿塞入被害人阴部以取乐。许多妇女在被奸淫之后都遭到割乳、剖腹、斩腰、断肢等酷刑，甚至被刺刀捅死，裸尸街头，肠涌血流，惨不忍睹。
此外，日军还进行了大规模的抢劫和破坏。日军进入南京城后，有计划、有组织地对重要市区进行了大破坏，大小店铺，无一幸免。大批物资，日军自己拿不动，就强拉夫役运送。私人住宅不论占领的暂未占领的，大的小的，中国人的外国侨民的，均被日军洗劫一空。
对于那些机关、学校、工厂、仓库和物资较为集中的地方，日军往往在长官的监督指导下，先劫掠，后纵火，一烧了之。整个南京城，从普通民房到政府建筑均遭火焚，甚至插着德国国旗的黑姆佩尔的北方饭店也不能幸免。熊熊的大火，一直延续了6个星期之久。市内建筑物88%遭损毁，城外损失90.2%，就连国际安全区的建筑物也损毁了9.6%。据不完全统计，被日军破坏的高档建筑784幢3.1万间，抢掠的器皿2,400多套30.9万件，衣服5,000多箱390万件，金银首饰1.42万两6,300余件，书籍1,800多箱14.86多万册，古字画2.84万件，古玩7,300多件，牲畜6,200多头，粮食1,200多石。南京市民每家平均损失838元，总损失达24,600万元。
日军在南京的暴行，当时就激起了中国和世界爱好和平人民的强烈义愤。中国新闻媒体纷纷报道了南京大屠杀的有关情况。一些留在南京的外国记者和工作人员，也以各种形式记录下他们的亲历亲见，向世界发布消息。他们的积极工作和无私奉献，使包括日本人民在内的世界人民深切了解了南京大屠杀的真相，了解了中国人民所从事的民族解放事业的正义性，大大增强了他们对中国抗日战争的同情心和支持力度。
南京大屠杀是日本军国主义残暴本性的大暴露，是现代文明史上最黑暗的一页，它激起了中华民族对日本侵略者的更大痛恨，增强了全国人民捍卫国家独立和主权、坚持抗战到底的坚强决心。
背景
继卢沟桥事变后，1937年8月13日，淞沪会战发生，中日进入全面战争，日军为摧毁中国之抗战意志，从8月15日至12月，对当时中国首都南京实施无差别轰炸。起初日军对外号称可以在几个月内快速击败中国，不料遭遇三个月的顽强抵抗才攻破沿岸地区，使日本陆军在初期大失面子。1937年11月中旬日军加强从上海转往内陆的行动，中国抵抗战力逐渐被瓦解，在淞沪会战后决定坚守首都南京。11月20日，蒋中正任命唐生智为南京卫戍司令官。12月8日，日军全面占领南京外围阵地，因为日军登陆后受限于本身的资源不足，经常沿路进行掠夺强征作为补给来源，如有不从即进行杀戮。另外日军受上级指示加速推进进攻战线以及心理想报复上海会战、通州事件等耳闻的情况下出现大量杀害战俘的行为。10日开始，日军对南京城垣阵地展开猛攻；12日，南京卫戍司令部下令弃城突围撤退；13日，国府溃散，增援的各路日军陆续攻入南京。日军于进攻当时中国首都南京前后，对攻占区的军民开展无差别抢劫、强奸及屠杀。
淞沪会战
在上海战场上，日军遭到中国军队抵抗，三个月后才占领上海。从1937年8月到11月，中国军在上海与日本上海派遣军已经进行近三个月惨烈而胶着的战争。战事在日本第10军从杭州湾登陆之后急转直下，侧后被袭的中国守军全线撤退。在日军的迅猛追击下，国军的撤退变成无比混乱的溃逃。军事委员会此时深感事态严重，在17日和18日三次开会讨论南京防御的问题。会议上多数将领认为部队极需休整，而南京在军事上无法防御，建议仅仅作象征性的抵抗，只有唐生智以南京是国家首都、孙中山陵寝所在，以及国际观瞻和掩护部队后撤等理由，主张固守南京。蒋介石期望保卫首都的作战对德国的外交调停有利，并且以为能够等到苏联的军事介入。出于内政和外交上的考虑，蒋介石最终采纳唐生智的建议，决定“短期固守”南京1至2个月，于11月26日任命唐（阶级上将）为南京卫戍军司令长官，负责南京保卫战。副司令长则为罗卓英及刘兴。
随后，日军各部队分三路开始向南京进军。根据坚守南京的决策，军事委员会在12月初日军接近南京城之前共调集约13个师又15个团共10万余人（一说约15万人）的部队保卫南京。这些部队中有很多单位刚刚经历在上海的苦战和之后的大溃退，人员严重缺编且士气低落，而国民党临时抓来的壮丁大多没有完成训练，军纪极差。唐生智多次公开表示誓与南京城共存亡，对蒋介石则承诺没有命令决不撤退。为了防止部队私自过江撤退，唐生智采取背水死战的态度。他下令各部队把控制的船只交给司令部，又将下关至浦口的两艘渡轮撤往武汉，还命令第36师封锁从南京城退往下关码头的唯一通道挹江门，而撤退的讯息却未传达到负责封锁的部队知晓，使得国军在撤退过程中出现疯狂的自相残杀情景，这一“破釜沉舟”的命令给后来的悲剧性撤退埋下隐患，造成许多无辜民众与士兵溺毙，尸体迅速堆满江面，惨不忍睹。
11月20日，中华民国政府发表《国民政府移驻重庆宣言》，政府机关、学校纷纷迁往内地，很多市民也逃离南京。在6月有101.5万城乡居民的南京市，12月初，常住人口据估计只有46.8万至56.8万人，但这并不包括军人和从前方逃亡到南京的难民。22日，本着人道主义精神留在南京的二十多位西方侨民成立南京安全区国际委员会，他们提出在南京城的西北部设立一个给平民躲避炮火的安全区。29日，南京市市长宣布承认安全区国际委员会，并为安全区提供粮食、资金和警察。唐生智还承诺将部队撤出安全区。12月5日，国际委员会收到日本政府模棱两可的回复，随即开始安全区的工作。
日军从上海进攻南京的过程
日本原本打算在上海附近消灭中国军队的主力，从而迫使中国政府屈服。然而，日本上海派遣军在淞沪战场苦战三个月，受到惨重的损失，日本决策层在是否直接进攻南京的问题上产生分歧。考虑到苏联在北方的军事威胁，日军参谋本部次长多田骏等人主张“不扩大”战事。因此，11月7日东京将上海派遣军与第10军临时编组为华中方面军的时候，将方面军的作战区域限制在苏州、嘉兴一线（即“制令线”）以东。而日军战地指挥官却强烈要求进攻南京。15日，柳川平助的第10军无视参谋本部的命令，决定趁中国军队溃退“独断敢行”地“全力向南京追击”。22日，方面军司令官松井石根鼓动参谋本部放弃“不扩大”方针，称“为了使事变迅速解决，乘现在敌人的劣势，必须攻占南京”。11月下旬，日军上海派遣军和第10军全面越过“制令线”，分别沿着太湖的南、北两侧开始向常州、湖州进攻。鉴于前线进展迅速的既成事实，24日东京大本营废除“制令线”，并在12月1日下达攻占南京的正式命令。12月1日，日本最高统帅部向松井石根为司令官之华中方面军（包括上海派遣军和第十军）下达命令：“华中方面军司令官须与海军协同，攻占敌国首都南京。”日本裕仁天皇下令中支那方面军进攻南京，同日，蒋介石要求斯大林加入对日作战，然而遭到否决。于是日本军向南京推进。在日本军快速推进下，部分素质不佳的预备役部队也参与，沿途造成混乱并实施暴行。
其间，日军各部根据“给养就地征发”之军令，在前往南京途中普遍进行烧杀淫掠。进攻南京的作战开始后不久，疯狂前进的作战部队就把辎重部队远远抛在身后，由于日军原本没有深入内陆作战的后勤准备，部队立即面临着粮食供给中断的严重问题，日本军司令部于是下达实际是要部队抢劫的“就地征收”命令。日军在抢劫中通常伴随着奸淫妇女的暴行，为了消除自己抢劫和强奸的证据，日军除了杀死受害人，还经常放火烧毁整个村庄。
- 日军作战的指导者……下达：“在当地征收粮食，以谋自活”的征收命令。……自从命令下达后，罪恶感就消失了，军人们变成到处偷袭抢夺谷物、家畜来充饥的匪徒。……这个就地征收命令，使下级官兵发狂，不但抢夺粮食，并且强暴中国妇女。……下级队长就指示……意思就是要湮灭证据。……所以，下级官兵们为了保护自己，毫不考虑的杀掉无辜的中国百姓，这才发展为“南京大屠杀事件”的导火线。
- ——日本军上等兵曾根一夫，《南京大屠杀亲历记》
日军在从上海进攻南京的过程中，在南京以外的金山、杭州、苏州、无锡、芜湖、扬州等地犯下一系列暴行，至少3万多人被杀，大量妇女被日军强奸。
美国驻上海总领事高斯就日军暴行致国务卿赫尔的电报(1938年1月25日)：“上海及其周围……关于南市的情况，据美国医生和传教士报告，日本军队刚一进入该地区就发生一些强奸案、枪杀大约80名平民，抢劫并烧毁中国人的私有财产。现在情况有所改进，但时常发生强奸……杭州。”
美国传教士报道表明，12月24日至1月5日，发生日本军队大量强奸妇女、枪杀平民和抢劫毁坏中国人财产的行为。而且有些妇女已经跑进美国及其他外国传教士领地又被日本士兵强行拉出去强奸……日本士兵强行闯入每一家商店、银行、民房，出来时携带着一捆捆丝绸、鸭绒被子、枕头、衣物等。这些掠夺物不仅是为士兵个人利益的行为，而且是得到日本军官的默许和同意……但最可怕的应该说……是日本掠夺者对所有妇女强奸、亵渎。受害者的数量极大。
1938年1月抵达南京的日本记者石川达三，依据大屠杀期间对日军官兵面对面采访的资料，写成报告文学《活着的士兵》（1945年末得以出版）。此文详尽记述了侵华日军在支塘镇、古里村、常熟、无锡、常州、丹阳、汤水镇等地都存在对中国平民的屠杀和劫掠，以及杀害放弃抵抗的中国军人。这些暴行都是南京大屠杀的预演或延续，而南京大屠杀则是日军所有暴行当中的最高潮。
南京陷落与中国军队撤退
12月8日，日军全面占领南京外围一线防御阵地，开始向外廓阵地进攻。11日晚，蒋介石通过顾祝同电告唐生智“如情势不能久持时，可相机撤退”。
12日，日军第6师团一部突入中华门但未能深入，其余城垣阵地还在中国军队手中。负责防守中华门的第88师师长孙元良擅自带部分部队向下关逃跑，虽被第36师师长宋希濂劝阻返回，但已经造成城内混乱。下午，唐生智仓促召集师以上将领布置撤退。按照撤退部署，除第36师掩护司令部和直属部队从下关渡江以外，其他部队都要从正面突围，但唐生智担心属于中央军嫡系在突围中损失太大，又口头命令第87师、第88师、第74军和教导总队“如不能全部突围，有轮渡时可过江”，这个前后矛盾的命令使中国军队的撤退更加混乱。只有属于粤系的第66军和第83军在军长叶肇和邓龙光带领下向正面突围，在付出巨大代价后成功突破日军包围，第159师代师长罗策群战死。其他部队长官大多数没有向下完整地传达撤退部署，就各自抛下部队前往江边乘事先控制的船只逃离。这些部队听说长官退往下关，以为江边已经做好撤退准备，于是放弃阵地涌向下关一带。负责封锁挹江门的第36师没有接到允许部队撤退的命令，和从城内退往下关的部队发生冲突，很多人被打死或踩死。
12日晚，唐生智与司令部成员乘坐事先保留的小火轮从下关煤炭港逃到江北，此后第74军一部约5,000人以及第36师也从煤炭港乘船过江，第88师一部和第156师在下关乘自己控制的木船过江。逃到下关的中国守军已经失去建制，成为混乱的散兵，其中有些人自己扎筏过江，很多人淹死，或是被赶到的日军射杀在江中。大部分未能过江或者突围的中国士兵流散在南京街头。
虽然国民政府部署了10万余兵力守卫南京，但日军很快占领南京东郊与南郊，用飞机与重炮轰炸市区。12月13日，南京陷落。陷落后，日本随军记者拍摄了一些南京市民欢迎日军进入南京等一系列有争议的照片，南京《金陵晚报》认为，这是日军强迫一些被抓来的中国民众手持日本国旗，站立路边，表示“欢迎”。
事件
屠杀
日军在占领南京时，对城内外大规模“扫荡”，搜查隐匿在城内之中国士兵，即所谓“便衣队”；多数未来得及撤退之中国军人被俘。
日军攻占南京时在战场上俘虏数万中国官兵，在日军高层的授意下，这些俘虏都被集体屠杀。因为日军向来有宁死也不投降的玉碎传统，对投降的战俘抱有歧视，便采取“大体不保留俘虏的方针，故决定全部处理之”。在搜捕“便衣兵”过程中，日军根据人们头上帽箍、肩上、手上之老茧作为判断是否军人之证据；但是很多平民也被抓走，即使躲在难民区之平民也不能幸免。数万中国平民在日军搜捕溃兵的时候受到牵连被一同屠杀。日军将捕获之中国军民驱赶到长江边和南京郊外集体屠杀；同时日军还在南京大街小巷、住宅、寺庙、村庄等处随意杀人。
在占领南京后的几个星期里，日军毫无约束地在城内外游荡，随意杀害平民，被日军强奸、抢劫的受害人也往往被日军杀死灭口。根据1946年中国南京审判日本战犯军事法庭调查，确认被日军集体屠杀并被毁尸灭迹有19万多人，被零散屠杀、尸体经过南京慈善团体掩埋达15万多具。被日军屠杀的中国官兵和平民在20万至30万人之间。在东京审判之判决书中曾记载：“在日本军队占领的最初的6个星期里，南京及其周围被杀害的平民及俘虏就达20万人以上。……这个数字不包括抛尸长江、挖坑掩埋和以其他方式处分的人们在内。”
日军对解除了武装的中国军警人员以及他们认为是可能参加过抗日活动和适合兵役年龄的中国青壮年，进行过若干次大规模的集体屠杀。二战后，南京军事法庭查证日军在南京犯下的集体屠杀有28案，19万余人受害。
从12日深夜到13日，败退下来的几万中国溃兵和逃难平民蜂拥至挹江门外的下关一带，试图渡江逃离南京。13日，日本陆军第6师团、第13师团、第16师团从三个方向进攻下关，日本海军也逆流而上抵达下关江面，数万中国溃兵和平民被合围在下关沿江的狭长地带。在这一天，即日军占领南京的第一天，日军就杀害大量溃兵、降兵、俘虏以及难民。
日军报称，13日清晨，第6师团步兵第45连队从长江上游向下关进军，途中歼灭一支正在逃离的中国大部队。第16师团从南京城东扑向下关，其中步兵第30旅团的先头部队上午10点抵达下关，用坦克炮和重机枪射杀在岸边聚集和正逃往江上的“溃兵”，用光1万5千发子弹；第33联队前进途中歼灭一千几百名前往下关的“溃兵”；第16师团主力的先头部队在下午2点30分到达下关，在岸边用重机枪及高速炮向在江上漂流的溃兵猛烈射击两个小时，使2,000多人葬身江中。第13师团的山田支队从长江下游沿南岸进击，下午占领乌龙山炮台后通过燕子矶向幕府山炮台前进，途中在幕府山北面长江南岸（即草鞋峡）遭遇大量溃兵和避难民众，山田支队至14日清晨共俘虏14,777人。同一天，日本海军第11战队突破乌龙山封锁线，逆流而上向南京进发，向江上顺流漂浮的溃兵用舰炮、机枪和步枪连续射击。据上海派遣军参谋长饭沼守的日记记录：“海军参谋松田的报告说，13日，11战队大部到达南京下游，歼灭1万乘木筏退逃的敌军。”事实上，日军在江边射杀的“败敌”和“残败兵”中不仅包括中国军人，无疑也有许多想逃出南京的中国平民。
除了在下关江岸和江面的“歼灭战”，日军13日还杀害大量未能前往下关的溃兵和难民。在城东，大批溃兵和难民从紫金山与幕府山之间向东逃亡时，撞上在这一带扫荡的中岛今朝吾第16师团。该师团步兵第30旅团旅团长佐佐木到一在日记中记述道：“这天遗弃在我支队作战区域内的敌军尸体超过一万几千具，此外，再加上装甲车在江上歼灭的，以及各部队的俘虏，我们支队共解决两万以上的敌军。”
留在南京的美国人贝茨曾看到日本人贴出告示，劝说中国人做日军劳动队的义工，并谎称过去曾是中国士兵或者参加过劳动队的人，只要参加劳动队即可既往不咎。贝茨注意到有200个男人在南京大学接受了这个条件，他们被押走后当晚就被处决了。贝茨在远东国际军事法庭上作证时讲述了此事，并因此在法庭上指控日军背信弃义。
1937年12月13日，《东京日日新闻》（即现在的《每日新闻》）报导两名日本军官的“杀人竞赛”。日军第十六师团中岛部队两个少尉军官向井敏明和野田毅在其长官鼓励下，彼此相约“杀人竞赛”，商定从上海到南京时，谁先杀满100人为胜者。他们从上海杀到南京，向井敏明杀了89人，野田毅杀了78人，因皆未满100，“竞赛”继续进行。12月10日中午，两人在紫金山下相遇，彼此军刀已砍缺了口。野田谓杀了105人，向井谓杀了106人。又因确定不了是谁先达到杀100人之数，决定这次比赛不分胜负，重新比赛谁杀满150名中国人。这些暴行都一直在报纸上图文并茂连载，被称为“皇军的英雄”。《东京日日新闻》（即现在的《每日新闻》），连续刊登该报四名随军记者浅海、光本、安田、铃木分别从中国江苏省常州、丹阳、句容、南京等地发回的现场报道，详细报道了此二人在无锡横林镇、常州车站、丹阳奔牛镇、吕城镇、陵口镇、句容县城、南京紫金山等地刀劈百余人的经过。这些报道不仅仅时间、地点明确，杀人过程及数字清楚，而且同时还配发了照片。日本投降后，这两个战犯以在作战期间，共同连续屠杀俘虏及非战中人员“实为人类蟊贼，文明公敌”的罪名在南京进行审判并被执行枪决。
奸淫
日军进入南京后到处抢劫、纵火，南京城南最繁华之商业区和人口密集之住宅区是受害最严重之地区，主要街道几乎都成废墟；而在抢劫、纵火同时，日军还有组织或分散强暴妇女，甚至对在难民区避难之妇女也不放过，冲进那里对妇女强奸。在日军占领南京之后一至两个月内，约有2万至8万名中国妇女遭到日军强奸。日军不分昼夜并在受害妇女的家人面前施行强暴，被强奸的妇女甚至包括12岁的幼女、60岁的老妇，乃至孕妇。很多妇女被轮奸，有些妇女甚至会被日军强奸数次，类似的事件往往导致有妇女受不住日军的折磨而死。受害人如果试图保护她的亲属或是稍有反抗，往往就被日军杀死，母亲身边的孩子因为哭闹也经常被日军一并杀害。此外，日军还强迫乱伦行为，不从就加以杀害。日军对妇女的大规模强奸和虐杀直到1938年2月才有所收敛。德国人约翰·拉贝在1938年1月14日给上海理事会主任W.迈尔之信：“约两万名妇女和姑娘被强奸。”
日本政府与军方当时对日本国民新闻封锁，但南京大屠杀之暴行遭到世界舆论谴责。约翰·马吉牧师记录了一起典型的强奸灭门惨案。12月13日，30个日兵闯入夏淑琴一家与房东居住的门东新路口5号，他们先杀死房东夫妻和夏淑琴的父亲，摔死了夏淑琴母亲怀里的1岁婴儿，之后轮奸母亲和另一个房间里16岁、14岁的两个姐姐，她的祖父母在试图保护孙女的时候被杀死。之后日兵杀死惨遭奸淫的母女，并且在她们的阴道里插进瓶子和木棍。当时7岁的夏淑琴和她4岁的妹妹被刺刀扎伤，她们因为昏死过去而幸存下来。最后，日兵杀死房东的两个孩子，4岁孩子被刺死，2岁孩子被用军刀劈开脑壳。
留在南京的南京大学美国籍历史系教授贝茨在远东国际军事法庭作证，三个临近住家的女人被强奸，而且发生了五次，在士兵强奸时他正好碰上。而他的一个朋友目睹了一位妇女被17个日本士兵接连不断地强奸。在12月15日，仅在南京大学的一栋楼里就有30个女大学生被强奸。三天后18个女孩在校园里六处不同的地方被日军士兵强奸。此外在南京大学校园内惨遭强奸的受害者包含9岁的小姑娘以及76岁的老妇。大学校园里的其余女性都处于极度恐慌的状态。而当时的日本驻华大使馆就位于南京大学旁边。
日军在南京期间对女性的奸淫恶行是在军官默认、纵容、鼓动下的集团性暴力。日军发现女性就加以奸淫的现象非常普遍，而日军军官通常不会将其作为违纪行为加以处理。不仅如此，日军军官还把放纵士兵强奸作为鼓舞士气的工具。为了让部下发泄在上海战场上几个月的苦战中积郁的不满情绪并且鼓动部下进攻南京，日军军官向士兵宣传只要攻入南京“就可以拥有漂亮的姑娘”、“杀人、放火、强盗、强奸都可以”。日军举行入城仪式后，数万日军闯入城内，一周之内就有8,000以上中国女性遭到奸淫。魏特琳在金陵女子文理学院设立的收容所是日本士兵搜索“花姑娘”的主要目标之一。日军占领南京十几天后，罪行累累的各部陆续离开，而留在南京执行“警备”的第16师团仍然在长期进行强奸作案。1938年1月下旬，天谷支队接替16师团之后，强奸案件进一步增加了。
劫掠与纵火
南京沦陷之后的六个星期之内，日军几乎侵入城内所有的建筑物。据统计，城内外23.8%的建筑被纵火焚毁，63.0%的建筑遭到劫掠，因各种原因遭到破坏的建筑合计88.5%，这些破坏绝大多数都是日军在占领南京后造成的。
日军占领南京初期，5万日本士兵从中国难民那里抢夺大量生活用品和食物。此后的几个星期，日军闯入市内的建筑大规模抢掠，有的时候他们在军官的组织下将住宅、商店、机关、仓库等建筑洗劫一空，再用军用车辆把赃物运走，即使各国使馆也未能完全幸免。在占领南京后的一两年内，日军、日本宪兵还强占大量中国人的店铺、住宅和建筑，有的直接由日军占用，有的则无偿交给来到南京的日本平民。除了日本军人，少数日本随军记者也加入到抢掠的行径当中。
留在南京的南京大学美国籍历史系教授贝茨曾亲眼看到一支日军后勤队，这群士兵的队伍长三分之二英里，满载高等的红木和黑木家具。他在远东国际军事法庭作证时还说，挂着纳粹旗的德国商社也被纵火。
12月18日，日军于南京故宫飞行场举办陆海军合同慰灵仪式。从12月19日或20日开始，日军开始在市内纵火。日军在洗劫商店之后，经常将其付之一炬。市区南部从中华门到内桥、从太平路到新街口以及夫子庙一带是南京主要的商业区，几乎全被烧光，整个市区约三分之一的建筑物被焚毁。
中国文化珍品也遭到大掠夺。据统计，南京市共损失古物26,584件，计商代青铜器、玉器等珍贵文物，字画7,720幅、书籍45,979册。
人道救助
南京安全区
鉴于日军进攻南京之形势，为在最危急时能使未及撤退南京之难民有一个躲避之住所，1937年11月间，留在南京之外籍人士代表决定成立一个国际救济机构，定名为“南京安全区（难民区）国际委员会”。
1937年11月22日，留驻南京城内的西方人决定仿照饶家驹神父在上海建立南市难民区的模式建立一个“南京安全区”，给来不及撤退的中国难民提供避难所。他们成立名为“南京安全区国际委员会”的私人机构，推举西门子洋行驻南京代表约翰·拉贝任主席。国际委员会划定的南京安全区以美国驻华大使馆所在地和金陵大学、金陵女子文理学院、金陵神学院、金陵中学、鼓楼医院等教会机构为中心，占地约3.86平方公里，四面以马路为界：东面以中山路为界，从新街口至山西路交叉路口；北面从山西路交叉路口向西划线至西康路；西面从上面提到的北界线向南至汉口路中段（呈拱形）再往东南划直线，直至上海路与汉中路交叉路口。界内分设25个难民收容所，最多时收容难民约25万人。
中国政府承认安全区，承诺实现安全区的非军事化，并且提供给国际委员会现金、粮食和警察。日本方面拒绝承认安全区，但是表示只要安全区没有中国军队驻扎，日军不会攻击安全区。但日军占领南京后，并未遵守与国际委员会的约定，强行闯入安全区，劫掠财物、奸淫妇女，大肆抓捕青壮年并予杀害。国际委员会就此多次向日本使馆及日军当局提出抗议，要求按国际惯例对安全区予以保护，但是日军暴行并未收敛。
南京安全区国际委员会下属26个难民营，其中25个在安全区内，分设在交通部大厦、华侨招待所、金陵女子文理学院、最高法院、金陵大学等处，另有设在城东南双塘的1个难民营。
12月23日，日军在南京设立自治委员会，为关闭安全区做准备。1938年1月底，虽然暴行仍在继续，日军却声称已经恢复南京城的秩序，强迫安全区内的难民还家。日本军占领南京后，于1938年2月下令解散南京国际安全区国际委员会，强行命令平民离开难民区。2月18日，南京安全区国际委员会被迫改称“南京国际救济委员会”，国际委员会及难民区不复存在，最后一批难民营被迫于1938年5月关闭。
在日军入城后长达数月的屠杀期间，安全区内有25万人，难民所直接管理的难民最多时有7万人。为了救助数量庞大的难民、维持他们的生活、并庇护他们少受日军伤害，国际委员会及国际红十字会南京委员会的20多位西方成员和数百名中国成员，为此艰苦斗争。
其他避难所
在大屠杀期间，除了国际委员会组织的收容所，在城内外还有一些中国人和欧洲人自发组织的难民营，如城北下关的和记洋行、东北郊外的栖霞寺和江南水泥厂等。
南京城外东北郊的句容县、江宁县和栖霞山一带是日军首先进攻的地区，大量青壮年被杀，妇女被掳走强奸。附近的江南水泥厂和栖霞寺仿效南京安全区的做法设立难民营收容附近的农民，其中也有少数未能撤离的中国官兵。江南水泥厂与丹麦史密斯公司（F.L. Smidth co.）和德国禅臣洋行有商业合同，因此在战前请两家公司派代表与留守员工一起守护厂内财产。德商派卡尔·京特任代理厂长，丹麦人辛德贝格稍后到达，两人在厂区收容难民最多时有4万至5万人。栖霞寺住持寂然法师在寺内也设立收容所，最多时有2.4万难民。
城北和记洋行曾收容大量难民，据应当在一万人以上，但在这里避难的难民大部分被日军捕去杀害。根据幸存者的证词记录，仅12月14日一天日军就从和记洋行带走并屠杀数千人。此外，江北六合县的葛塘集难民营约有难民2,000人，城东南的剪子巷老人堂收容530多人。
遇难者人数与后续处理
收尸记录
对南京大屠杀期间遇难者尸体的掩埋和处理大致有五个途径：
根据已发现的资料，南京当时8家慈善团体共埋尸19.8万具。其中：
世界红卍字会南京分会埋尸43,123具。据该会1945年的《民国二十六年至三十四年慈善工作报告书》及所附埋尸统计表记载，从1937年12月22日至1938年10月30日，在城内收埋1,793具，城外收埋41,330具，其中女尸75具、孩尸20具。世界红卍字会八卦洲分会在八卦洲江岸收埋被射杀的死者尸体、江中浮尸以及打捞江中尸体，正式资料提及埋尸1,557具，又有该会函件提及处理尸体1万余具。南京崇善堂埋尸112,266具。该堂在战后提交给军事法庭的统计显示，在1937年12月至1938年5月1日，该堂在城区收埋7548具，在城外收埋104,718具。该堂埋尸的“前期资料”较少。中国红十字会南京分会收尸22,691具。该会1938年1月5日以前在南京下关、和平门一带收埋8,949具，此后得到日军许可后留下按日记载的收尸记录，到5月底又收埋13,742具。南京市同善堂收埋7,000余具。该堂掩埋组组长刘德才在战后南京军事法庭审判谷寿夫时出庭作证：“我同戈长根两个人所经手掩埋的尸首就有7,000多了”。南京代葬局收埋1万余具。代葬局掩埋队也受雇于南京伪政权。掩埋队队长夏元芝于1946年为汉奸嫌疑辩护时称：“曾率领代葬局全体掩埋伕役，终日收埋被惨杀军民尸体万余具”，这一数字得到当年掩埋伕役的确认。顺安善堂收尸约1,500具。1940年12月该堂在一份调查登记表中称：“迄至南京事变后，对于掩埋沿江野岸遗尸露骨，人工费用约去陆百元。”按照当时一般收尸付费4角计算，约收埋1,500具。明德慈善堂收尸700余具。当时的堂长陈家伟在1940年12月的文件中称：“雇用伕子十余人，掩埋尸首”、“廿七年春，掩埋七百余具”。众志复善堂也参与埋尸，但是具体数目不详。
当时民间的4支市民掩埋队共埋尸4.7万余具。其中：
城西市民掩埋队，由湖南木商盛世征出资雇工，收埋上新河地区死难者遗体28,730具。城南市民掩埋队，由平民芮芳缘、张鸿儒等组织难民30余人掩埋尸体7,000余具，其中难民尸体5,000余，中国军人尸体2,000余，分别埋葬在雨花台山下和望江矶花神庙等处。回民掩埋队，由鸡鹅巷清真寺王寿仁以“南京回教公会掩埋队”、“南京市红卍字会掩埋队”名义掩埋尸体400余具，所收尸体以回民为主。北家边村民掩埋队，由北家边万人坑唯一幸存者严兆江带领，收尸6,000余具。
与日军合作的南京市和各区伪政府以多种方式处理尸体，有据可查的埋尸数量有7,000余具。下关区在南京城西北，伪区长刘连祥1938年1月30日报告，经过半个月工作，在下关、三汊河一带收埋尸体3,240具。第一区在城东南部，伪区公所在1938年2月工作报告中称当月收埋尸体1,233具。第二区在城西南部，最近发现该区伪公所的两份文件中提到请崇善堂掩埋了区内两处遗尸共27具。第三区在城东北部，最近发现该区伪公所曾请崇善堂、红卍字会掩埋区内多处遗尸10余具。1938年底，伪南京市政公署督办高冠吾命伪卫生局派掩埋队收集中山门外灵谷寺至马群一带遗骨3,000余具，葬于灵谷寺之东，立“无主孤魂之碑”记录埋尸经过。
日军在支持中国团体处理尸体之外，也直接进行埋尸和毁尸的处理。日军战俘太田寿男1954年供认日军动用部队处理的尸体总数达到15万具。近年来发现的日军官兵的日记、书信和回忆也明确证实，日军曾大量直接掩埋遇难者的尸体，或是将尸体焚烧，或是投入江河、水塘之中。
- 整个码头，是一座黑黝黝的尸山。有五十个或许一百个人影在其间来回走动，他们在往江里拖尸体。痛苦的呻吟，流淌的鲜血，痉挛的肢体，再加上哑剧般的寂静。对岸隐约可见。就像月光下的泥泞一样，整个码头在微微闪光，那是血。不久，结束了作业的“苦力”们被迫朝着江岸站成一行。“哒哒哒……”机枪的声音，仰身，倒下，就像跳舞似得，这一伙人落入江中。结束了。……“约有两万人。”一个军官说。
- ——《朝日新闻》特派记者今井正刚|《文艺春秋特辑：我在那里——目击者的证言》1956年12月号
遇难人数
南京大屠杀遇难人数一直是各方争论的焦点，而且至今各方没有一致的结论。长期以来，中国政府和学界坚持采信30万的遇难人数，这是国民政府在战后军事法庭的相关审判中确认的。不过近几年来，随着新的史料的发现，中国学者的态度发生一定变化，如孙宅巍曾表示，在日本承认侵华日军在南京大规模屠杀的前提下，具体遇难人数“是30万再多一些，还是30万再少一些，应当是可以讨论的”。日本内阁会议于2007年4月24日通过一份答辩书，暧昧地表示对于南京大屠杀“不能否认发生过杀害非战斗人员和掠夺等行为，但在具体的被杀害人数上存在各种议论，政府作出断定是困难的”。日本学界对遇难人数的主流看法是，从数万至十万以上的中国人遭到日军杀害，然而日本极右翼分子否认南京大屠杀的存在，他们把东京审判的结果看作是强加给日本的“东京审判史观”。
关于大屠杀持续时间，战后审判提出日军大规模施暴时间为日军入城的12月13日开始的6个星期，但实际上，日军在南京的暴行至少在12月10日南京战役爆发时已经开始，即使在第二年2月，日军的零星杀戮仍未停止，强奸和抢劫仍然严重。
关于大屠杀的地理范围，由于1937年的南京在行政上包括城墙内的8个城区（城区内设有国际安全区）、近郊的6个郊区，以及远郊的8个县，如果采用较狭义的地理统计范围，就会得到较小的数字。由于对遇难者人数的统计范围采用不同的标准，在日本学者中出现相差甚远的结论。
战时讯息传播
战时日本政府的新闻审查
战争期间，日本政府对日本国内媒体施行严格的新闻审查，回国的日本官兵也被命令对在战争中的罪行禁口，这使得相当部分日本国内民众难以及时了解南京大屠杀的详情。但是，随着有更多的战时退伍兵返回等情况的变化，大屠杀的信息在日本主流媒体之外得以传播。
日本发动全面侵华战争之后，日本媒体随军记者发出的稿件和照片都要经过日本军方和当局的严密审查，凡是对军方不利的一律没收，违规的记者要受严厉处罚。《读卖新闻》随军记者小俣行男说：“在战场上听到的尽是一些见不得人的暴行，但这些事是绝对不能写的。只让写些什么在战场上邂逅的友情和前后方的佳话等，这类军中的所谓美谈。”《中央公论》特派记者石川达三在南京大屠杀期间跟随第16师团进行实地采访，写成报告文学《活着的士兵》。杂志社删节四分之一内容后送审，被日本政府查禁。石川还被当局以“将虚构作为事实，紊乱安宁秩序”的理由被处以监禁缓刑，编辑和发行人也被处罚。从此战争中日本记者再没有对日军在南京暴行的报道。日本传媒还被严厉禁止转载中国及西方媒体对南京大屠杀的报道，南京被日本报纸粉饰为安宁祥和的地方。
除了防范新闻媒体泄露日军在中国的暴行，南京战役后回国的日本官兵也被禁口。参与过南京暴行的日军士兵曾根一夫后来说：“为了不使军队在战地的恶的一面让国民知道，在强化新闻管制的同时，对在战地的士兵的泄漏严密封锁。南京攻击战结束后，部分老兵返回国内时就曾被禁口。我也是昭和十五年（1938年）秋返回国内的，在离开所属部队之际，被告诫‘诸位回到国内，征召解除就成了地方百姓了，但作为军人的名誉是值得自豪的，而有污皇军体面的事绝对不许外传。’这是烦琐的说法，要而言之就是‘即使回到国内，离开军队，在战场干的坏事也绝对不许说’。”
战时外国新闻媒体讯息传播
尽管当时欧洲战事尚未爆发，西方和中国的新闻媒体几乎在第一时间就向全世界披露日军暴行真相，亲历大屠杀全过程的中国人和西方侨民则留下日军暴行的详细记录。
在撤退中留下的少部分美英等西方国家记者，最早向全世界报道日军在南京的暴行。在12月初日军向南京发动总攻的时候，在南京城有来自美国、英国、意大利等国的十几名新闻记者和摄影师，他们中的多数人随着帕奈号撤走，只剩下《纽约时报》记者都亭（F. Tillman Durdin）、《芝加哥每日新闻》记者斯蒂尔（Archibald T. Steele）等5人。12月15日，日军攻占南京2天之后，由于南京的对外通讯全部中断，这些西方记者为了尽早发出南京沦陷和日军大屠杀的独家报道，随美舰奥胡号离开南京前往上海。12月15日《芝加哥每日新闻》刊载斯蒂尔发自南京江面奥胡号的电讯，首先将日军屠杀的暴行大白于天下，斯蒂尔称：“离开南京之际，我们最后见到的场面是一群三百名中国人在临江的城墙前井然有序地遭处决，那儿的尸体已有膝盖高”。《纽约时报》在12月18日和次年1月9日发表都亭关于日军残杀数万中国战俘和平民的报道。
- 美国牧师约翰·马吉1937年用一架1930年代的老式16毫米摄影机拍摄共四盘放映长度达105分钟的电影胶片，这是迄今唯一记录南京大屠杀的影像。约翰·马吉在当时的信件中也有大量关于大屠杀的描写：“强奸妇女的行为已无法形容和想象”，“我能说的是，这个城市的每一个大街小巷都有死尸，我去了很多地方，包括下关地区。”
- 南京安全区国际委员会总干事费区目睹日军在南京地区的暴行，将马吉牧师拍摄的记录日军暴行的胶片偷运到上海柯达公司，制作并带到美国各地放映，并在美国《读者文摘》上揭露日军违反国际战争法的暴行：“日本人从我们的宿营地抓人时，把手上有老茧和剃光头的，都当作当兵的证据，认为务必判以死刑。他们想要枪杀谁，就把谁拉出去。”
- 1930年代英国《曼彻斯特导报》驻华记者田伯烈1938年初撰写《外人目睹中之日军暴行》一书，第一次向世人公布日军南京大屠杀的真相，痛斥日军制造“现代史上破天荒的残暴记录”。
- 《魏特琳日记》
中国受害者的叙述
2007年，侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆开始建立历史证人个性化档案。共新建立档案12425份，包括39名外籍人士、103名原侵华日军老兵、2663名大屠杀幸存者和9620名大屠杀遇难者。
- 李秀英，怀着7个月身孕，与3个日本兵搏斗身中37刀，在鼓楼医院收治并留下影像资料。她曾赴日本进行对日索赔诉讼。于2004年12月4日6点10分在南京鼓楼医院逝世，享年86岁。
- 夏淑琴，全家9口人被杀7口，她被刺伤后从死人堆里爬出。
- 姜根福（1929年12月20日-2007年），弟弟被日本兵摔死，母亲因为反抗强奸而被开枪打死，父亲被抓走，二姐因反抗强奸被刀劈死。
- 崔金贵，亲眼见慈善团体崇善堂的收尸埋尸过程，并确定崇善堂在埋尸时有计数。
- 尚德义，1937年12月6日上午11时被日军抓获，同时与1000名以上的中国男子一起被机枪扫射，绝大多数当场死亡。他由于被尸体压住晕倒而幸免于难。
- 伍正禧，在南京新华巷62号避难时，其二哥伍正保、大表哥云馆、三表哥三云、表叔老王被抓走并枪杀。祖父被刀捅死，30岁的表娘被强奸。
- 邵翰珍，父亲邵锦晴、祖父邵才潮和舅舅任发和被日军枪杀。
- 皇甫泽生，保卫南京的一个士兵。被日军俘获后与几百人一起，在板桥镇一个山沟里集体被日军用机枪射杀。日军在射杀后再用刺刀捅死幸存者。他和另一个重伤难友为仅存者。
- 孟宪梅，在淌水沟接水时，亲眼看到日军用多辆卡车把老百姓押到现在的汉中门新桥桥口下面用机枪射死。
- 陈光秀，在南京汤山镇许巷村，父亲被枪杀，包括弟弟在内的村里100多个年轻人被刺刀刺死。艾家四兄弟被扔到天空摔死。多名女性被强奸。母亲因为父亲和弟弟被杀导致忧郁而死。
- 刘文静，大方巷广场集体屠杀（一百多人）见证人。
- 天津工商银行退休职工、南京大屠杀幸存者刘钟铭当年在南京一家商铺当学徒，说道：“日本鬼子进城后见人就杀，城里到处都是尸体，载着日本兵的汽车就从尸体上开过去。那个惨景，我一辈子也忘不了。”
- 赵斌，生于1937年11月27日，出生17天即遭遇南京大屠杀，是年龄最小的大屠杀幸存者，2012年8月3日因病医治无效逝世，享年75岁。
日方的记录和证言
侵华日军各级指挥机构当时的命令和军官的记录为直接物证：
- 攻占南京的日军第6师团司令部曾接到命令：“不论妇女儿童，凡中国人一概都杀，房屋全部放火焚烧。”
- 日军第16师团长中岛今朝吾的日记中也记道：“大体上不保留俘虏，全部处理之。”
- 日军第16师团第30旅团长佐佐木到一的作战记录《进攻南京纪实》。
侵华日军随军记者的报道、士兵的日记、证言也被列为南京大屠杀的证据：
- 侵入南京的日军第6师团辎重第6联队小队长高城守一日记中说，1937年12月14日，他看到南京下关江边：“尸体像漂流的木头被浪冲过来；在岸边，重叠地堆积着的尸体一望无际。这些尸体可能有几千、几万，数目大得很。”
- 日军第16师团老兵东史郎的日记（《东史郎日记》）为重要实证，例如他在1937年12月21日的日记中写道：“哭喊着的支那（中国）人被装进邮袋中，西本（日本兵）点着了火，汽油一下子燃烧起来。就在这时袋子里发出一种无法言状的可怕的喊叫声。袋中人用浑身的力气使袋子跳了起来，自己滚动……手榴弹在水中爆炸了，水面一下子鼓了起来，然后平静下去。”
- 其他重要的日本兵日记还有：高岛市良日记、小原孝太郎日记、会攻南京的日侵略军第十六师团师团长中岛今朝吾的日记等。
- 《朝日新闻》记者本多胜一的著作《中国之旅》，记录“百人斩”等屠杀事件。
- 笠原十九司教授，日本国内研究南京大屠杀的权威学者之一，曾多次提供南京大屠杀证据（《侵略亚洲的日本军队》，大月书店出版）。
审判
出于对战争犯罪追究的恐惧，日本政府在停战后迅速展开了有组织的大规模销毁罪证的行动。
在远东国际军事法庭庭审南京大屠杀期间，坐在被告席的甲级战犯、曾任日本外务大臣的重光葵把头埋在了双手里。美国合众社记者阿诺德・C. 布拉克曼注意到，他虽然与南京大屠杀无关，但是他像大多数日本人一样，对发生在南京的暴行深感羞耻。
远东国际法庭的判决书上写道：“在日军占领后最初六个星期内，南京及其附近被屠杀的平民和俘虏，总数达二十万人以上。这种估计并不夸张，这由掩埋队及其他团体所埋尸体达十五万五千人的事实就可以证明（由红十字会掩埋的是43071人，由崇善堂收埋的是112266人，这些数字是由这两个团体的负责人根据各该团体当时的记录和档案向远东法庭郑重提出的）。根据这些团体的报告说，尸体大多是被反绑着两手的。这个数字还没有将被日军所烧毁的尸体，以及投入到长江或以其他方法处分的人们计算在内”。
法官之一的梅汝璈指出，对于南京大屠杀一案“花了差不多三个星期的工夫专事听取来自中国、亲历目睹的中外证人（人数在十名以上）的口头证言，及检查和被告律师双方的对质辩难，接受了一百件以上的书面证词和有关文件，并且鞫讯了松井石根本人”，“审理是特别严肃认真的”。松井石根听取法庭宣布的罪状和科刑后，表示“南京事件，可耻之极”。
法庭判决书中遂有郑重声明：“这个数字还没有将被日军所烧毁的尸体，以及投入到长江或以其他方法处死的人们计算在内。”远东国际法庭认定被杀害者为二十万人以上，未包括尸体被日军消灭的被害者在内，而且这个数字仅是“在日军占领后六个星期内”的。
东京审判中，因为南京大屠杀而判罪者仅有身为乙丙级战犯的松井石根，罪状是未阻止南京大屠杀的进行；不过在南京军事法庭方面的审判则起诉包括百人斩见报的向井敏明、野田毅以及南京大屠杀时期担任第六师团师团长的谷寿夫等人并判决死刑，三人随后于1948年1月28日和4月26日，于南京雨花台刑场枪决伏法。
1950年苏联向中国新政权移交日本战犯969人、伪满战犯约300人，与在此之前国共内战掳获的140名日本战犯，集中安置在抚顺战犯管理所和太原战犯管理所。中华人民共和国于1956年4月正式宣布，对于在押的侵华战犯给予从宽处理。6月、7月，最高人民法院公审无一人被判死刑或无期徒刑；同年，其他1017名日军战犯因“表现良好”经免起诉无条件释放回国。1963年，最后一批日本战犯3人被特赦释放。
纪念
纪念设施
为纪念大屠杀中的死难者，南京市的政府、厂矿单位和民间组织在当年日军进行大规模屠杀的部分地点和遇难者丛葬地的部分遗址上陆续建立起22座侵华日军南京大屠杀遗址纪念碑。第一座纪念碑由下关发电厂于1947年在厂区内建立。南京市人民政府自1985年开始，在挹江门、中山码头、煤炭港、鱼雷营（有碑未立）、草鞋峡、燕子矶、东郊、江东门、普德寺、上新河、汉中门、清凉山、五台山、北极阁、正觉寺、金陵大学、花神庙、仙鹤门、太平门等地建立19座遇难同胞纪念碑和丛葬地纪念碑。江宁区湖山村、西岗头村的村民在当地自发建立两座民间纪念碑。
南京市人民政府为悼念大屠杀遇难者，在日军大屠杀的一处主要地点和遇难者丛葬地江东门，设立侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆。这座遗址型专门史博物馆于1985年落成开放，经过1995年、2005年两次扩建，现占地约7.4万平方米、建筑面积2.5万平方米、展陈面积9800平方米，包括展览集会、遗址悼念、和平公园和馆藏交流等4个区域，其中展览陈列包括广场陈列、遗骨陈列和史料陈列三部份。遗骨陈列室中陈列有建馆及扩建时从丛葬地（俗称“万人坑”）挖出的遇难者骸骨，史料陈列大厅中有千余件相关历史资料，并设有拉贝日记和东史郎日记资料展，每年12月13日在纪念馆的悼念广场上举行大规模的和平集会。该馆共收集10000多份历史资料和文物，是国家一级博物馆、全国爱国主义教育基地。
南京大屠杀期间担任南京安全区国际委员会主席的约翰·拉贝的旧居，2006年起作为“拉贝与国际安全区纪念馆”正式开放，总面积为1628平方米，分为六个展区，共展出300多张图片、50多件实物及4部影像资料片。
纪念日
2014年2月27日，中华人民共和国第十二届全国人大常委会第七次会议决定将12月13日设立为南京大屠杀死难者国家公祭日。
2014年12月13日是首个南京大屠杀死难者国家公祭日，中共中央、全国人大常委会、国务院、全国政协、中央军委在南京侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆举行南京大屠杀死难者国家公祭仪式，南京全城鸣笛向死难者致哀。同日，香港特别行政区政府在香港海防博物馆堡垒大堂举行纪念仪式，香港特别行政区行政长官梁振英出席仪式并致献花圈。澳门特别行政区政府在澳门保安部队高等学校举行“南京大屠杀死难者国家公祭日”活动，中央人民政府驻澳门特别行政区联络办公室主任李刚与澳门特别行政区行政长官崔世安、全国政协副主席何厚铧、外交部驻澳门特派员公署特派员胡正跃、中国人民解放军驻澳门部队司令员王文敬献花圈。中华人民共和国各地也都举办形式各异的国家公祭日活动。
遗产登录
2015年10月，联合国教科文组织世界记忆工程咨询委员会对中国大陆申报世界记忆遗产的南京大屠杀相关资料进行审核。10月9日，联合国教科文组织网站公布2014—2015年度新入选世界记忆遗产名录的项目名单，南京大屠杀档案成功入选世界记忆遗产名录。
相关影视作品
（以出品年代顺序排列）
- 电影
- 《战争与人间》（日本）系列电影：1970年、1971年、1973年
- 《屠城血证》：1987年，（中国大陆）陈道明、翟乃杜、雷恪生主演。
- 《南京1937》：1995年，吴宇森监制、吴子牛导演、谭盾配乐、刘若英、早乙女爱、秦汉主演。
- 《黑太阳731》：1995年，牟敦芾导演、张良、李伟、潘永、潘敏杰、熊小田主演。
- 《南京好人》（美国）1998年
- 《五月八月》（中国）2002年；杜国威导演；叶童、林泉、徐忻辰主演。
- 《栖霞寺1937》：郑方南导演，2005年8月在南京首映。
- 《东京审判》：2006年，高群书导演、编剧，刘松仁、曾江主演。
- 《战火逃城》又名《黄石的孩子》台译《黄石任务》：（美国）周润发、杨紫琼、Jonathan Rhys Meyers主演，2008年4月于亚洲上映。
- 《南京！南京！》（中国）2009年4月22日上映，导演陆川
- 《拉贝日记》又名《约翰·拉贝》（中国、德国、法国）2009年，佛罗瑞·加仑伯格导演、乌尔里奇·图克尔、达格玛·曼泽尔、丹尼尔·布鲁赫主演。
- 《金陵十三钗》（中国）2011年，张艺谋导演，克里斯蒂安·贝尔、倪妮、张歆怡、佟大为、黄天元主演。
- 电视剧
- 《一江春水向东流》（香港），1983年，黎汉持、马敏儿主演
- 《乱世佳人》（香港），2007年，胡杏儿、吴卓羲、陈锦鸿、唐宁主演
- 《四十九日·祭》（中国）2014年，张黎导演，张嘉译、宋佳、胡歌、黄志忠、张歆怡主演。
- 纪录片
- 《南京》（又名《南京浩劫》，台湾译为‘被遗忘的1937’）：由中、英、美三国共同投资拍摄的一部反映南京大屠杀历史的纪录片。片中演员扮演当年见证南京大屠杀的西方人士，整理了他们的日记，以口述的形式做影片主线，加入对幸存者的访谈和大量珍贵历史资料，对南京大屠杀历史进行回顾。
- 音乐录影带
- 《1937南京大屠杀纪念单曲》张穆庭作词、作曲、导演、编剧，2004年12月13日在台湾发行，2005年3月在南京发行。
