羊肚菌科（汉语拼音：Yangdujun Ke；英语：Morohellaceae），子囊菌亚门盘菌纲的一科。该科真菌的子囊果大而具柄，常有海绵状或钟罩状的菌盖。子囊柱形，含孢子2～8个，常为8个。子囊孢子椭圆形，平滑，无色。该科常见属有皱盘菌属、钟菌属和羊肚菌属。羊肚菌属的子囊果具粗柄，有凹陷和脊突的菌盖，子实层着生在子囊果上部的凹坑内，状似海绵，是重要的美味食用菌。中国常见的有粗柄羊肚菌、鲜羊肚菌、普通羊肚菌等8种。