长江大学作物遗传育种研究所，是原湖北农学院的下属机构，1998年由湖北省教育厅批准成立，聘请全职楚天学者李晓方任所长，以农作物多基因型种群育种技术研究为特色，进行农作物遗传育种新技术研究与应用。
目前以李晓方教授为首席科学家，主持财政部公益性科研（农业）行业专项：“利用农作物自身遗传多样性的抗逆稳产种群技术研究与示范”项目（201303008）等省部级项目十多项。获得中国、美国、澳大利亚、欧亚等国内外授权发明专利11项；由科学出版社出版《农作物多基因型育种及种子生产技术体系》专著1本；获得省自然科学2等奖和三等奖各2项；在国际上首发利用水稻MAGIC群体进行种群育种的论文，第一个水稻种群品种“多集新3号”获得省级审定，等，标志着我国农作物多基因型种群育种处在国内外领先水平。
主要研究目标
- MAGIC群体分子育种技术研究：包含三个层面（1）各作物MAGIC群体的分子基础特征研究；（2）各作物利用MAGIC群体的育种技术流程；（3）继续种群育种技术创新和知识产权保护。
- 水稻、小麦等自花授粉作物多基因型种群育种及其种子生产技术研究。
- 棉花、油菜等常异花授粉作物多基因型种群育种及其纯系与杂交种搭配种群技术研究
- 荞麦等异型花器作物多基因型种群育种及其精确化种群技术研究。
- 自交不亲和作物种群育种技术研究。