三元（拼音：sān yuán），道教术语。元指开始，引申为天地万物的本原。古时有上、中、下三元之说，含义多有不同。道教沿用三元说，作为宇宙生成和个人修炼的教义。《云笈七籤》以三元为宇宙混沌之始，称“一分为三元，又从三元变成三气，又从三气变生三才，三才既滋，万物斯备”。三元为：第一混洞太无元，第二赤混太无元，第三冥寂玄通元。由三元化生三清之境。又称三元为天、地、水，上配三官。《太平经》称“元气有三名：太阳、太阴、中和。形体有三名：天、地、人”。道教内丹家以三元之说释修炼。称人体三丹田为三元。陈撄宁称三元为元精、元气、元神。
