国立清华大学（英语：National Tsing Hua University），简称清华、清大，是中华民国一所研究型国立综合大学，校址位于新竹市。其前身可追溯至1909年利用美国庚子赔款退款成立的“游美学务处”。游美学务处几经更迭，至1949年时为位于北京的国立清华大学。
1949年中华民国政府播迁至台湾后，1955年由校长梅贻琦于台湾新竹市主持国立清华大学在台复校。复校之初首设原子科学研究所，1964年恢复大学部，目前设有理学、工学、原子科学、人文社会、生命科学、电机资讯、科技管理7个学院，共17个学系、7个学院学士班、23个独立研究所、17个研究中心。至于位于北京的国立清华大学则由中华人民共和国政府接管，更名为清华大学。
在学术研究上，国立清华大学与国立阳明大学、国立交通大学及国立中央大学四校共同组成台湾联合大学系统，整合各校资源，共同成立研究中心。此外，复校后的清大和相邻的交大于1969年开始固定于每年春季举办“梅竹锦标赛”，比赛项目包含球类、桥艺、棋类、田径、拔河等。
清大与29国130所大学（2011年4月）保持校际合作关系，各国交换学生、外籍生、双联学位、交换教师、华语学习的互动热络。
根据汤姆森路透重要科学指标（Thomson Reuters, Essential Science Indicators），清大在化学、物理、材料科学、工程、计算机科学、生物与生物化学及临床医学等七学门被列为论文被引次数世界前1%之研究机构；台湾在22个评比学门中之5个学门有研究机构跻身世界百强，清大在“材料科学”排名世界第37名，居全台各校所有领域之首[2]。在脑神经科学领域，诺贝尔奖得主DNA之父詹姆斯·杜威·沃森于2010年造访清华时誉为‘世界领先’。
在两岸三地所有大学中，清大平均每位教师发表的SCI/SSCI论文数及被引用次数名列前茅，位居两岸三地高等教育第4名。在2010年英国泰晤士高等教育世界大学排名中，清大名列全球第107名；在QS世界大学排名中，以教师数量700人以内的大学做比较，清大是全世界第11名；在教师数1,000人以内的大学中，清大位居全世界第37名。
历史
1912年以前
清华源于辛丑条约约定的庚子赔款。1904至1905年（清光绪三十年至三十一年），美国国务卿海约翰认为赔款已超过清廷可承受之范围。大清驻美公使梁诚从中斡旋，促成减免。美国总统罗斯福决定返还赔款基数定为一千余万美元，逐年退还。赔款用于人才培养和赴美留学。
1909年（清宣统元年），美国开始退还庚款。为统筹考核留学生，外务部与学部上奏设立“游美学务处”并附设“肄业馆”。7月17日（六月初一）游美学务处正式建立，后任命外务部署左丞、左参议兼学部丞参上行走周自齐担任总办，学部员外郎范源濂和外务部候补主事唐国安，驻美公使馆参赞容揆任驻美学生监督，三年间共组织三批近200人赴美留学。
清华园，原名熙春园，建于康熙年间。道光二年时，分为春泽园（今近春园）、涵德园，分授皇四弟瑞亲王绵忻、皇三弟惇亲王绵恺。后奕誴继承涵德园，俗称“小五爷园”，咸丰帝为其亲书匾额，易名“清华园”。1860年，英法联军焚毁近春园外围，核心区后被同治帝拆卸修复圆明园，形成“荒岛”。奕誴长子载濂继承清华园后，因庚子之乱容纳义和团设坛，赐园为内务府收回，荒废。外务部选定清华园后，修缮工字厅、建造校门、一院、二院、三院、同方部、北院、校医院，1911年竣工，校园占地450亩。
1911年2月，肄业馆改称“清华学堂”，由军机大臣那桐题写校名，会办范源濂、唐国安共任监督。3月30日（三月初一）暂行开学仪式（中等科），4月1日高等科开学，教师多从美国聘请，游美学务处也迁入工字厅办公。
10月，武昌起义爆发，清政府挪用退还赔款弥补军费，学堂经费断绝，原定正式开学仪式取消，11月9日正式停课。
1912年—1928年
辛亥革命后，中华民国建立。1912年5月1日，学堂改名“清华学校”开课，裁撤游美学务处。唐国安为第一任校长，周诒春为教务长，在校生约500人，教员30余人，以“培植全材，增进国力”为宗旨培养“领袖人才”。1913年春将近春园、长春园、水磨村并入。1914年10月，美国建筑师墨菲与丹纳为学校指定校园规划，布置留美预备学校和综合大学。1916年至1920年，建成图书馆、体育馆、科学馆、大礼堂等早期建筑。
此期间，经费充足、园林优美，学习环境十分理想。学校强调体育锻炼和强健体魄，设立体操课，午后“强迫运动”，开办童子军训练和军事训练（兵操）。发起清华、协和、汇文“三角运动会”，为北京最早校际大赛，参加菲律宾第一届远东运动会。
学校不乏各界名人学者前来演讲，1914年11月5日，梁启超先生以“君子”为题发表演讲，勉励学子树立远大理想、培养完全人格。引述易经中“天行健，君子以自强不息”及“地势坤，君子以厚德载物”，对清华学子给予厚望。后“自强不息、厚德载物”被定为校训。
1913年3月初，唐国安校长病逝，周诒春继任，任内勤勉，增加设备建筑，扩充留美名额，1918年1月辞职。此后直到1931年校长更迭频繁，史称“清华校长更迭风波”。早期先后有范源濂（美国驻华公使反对）、赵国材（代理）、张煜全、罗忠诒（学生拒绝）、严鹤龄（代理）、金邦正、曹云祥（代理）被任命校长。1924年5月，曹云祥成为正式校长，在任6年中，清华学术得到空前发展，1925年春成立国学研究院，聘请梁启超、王国维、陈寅恪、赵元任等导师。从派遣留学逐步转为培养本国人才，始创四年制本科教育，分文、理、法三院。
1919年5月4日，五四运动爆发，城内十多所学校示威游行。清华学生组织演讲、会见公使、致电巴黎和会。9日，校内挂半旗，全体同学在体育馆举行“国耻纪念会”，并焚烧校内日货。共同宣誓：
口血未干，丹诚难泯，言犹在耳，忠岂忘心。中华民国八年五月九日，清华学校学生，从今以后，愿牺牲生命，以保护中华民国人民、土地、主权，此誓。
“五四”运动后，更多新思潮涌入清华，促进了清华学生的觉醒。1926年3月13日，举行纪念孙中山逝世周年大会，李大钊、陈毅来校演讲。3月18日，北京民众为反日本入侵游行请愿，遭段祺瑞政府打压，清华学生韦杰三牺牲，是为三·一八惨案。
1928年—1948年
1928年，南京国民政府取代北洋政府掌控北京后，任命罗家伦为校长，易名“国立清华大学”，任职期间，罗家伦对学校组织结构大加整改。
1930年5月20日，学生代表大会驱逐罗家伦校长，后阎锡山所任乔万选遭学生护校纠察队阻挡，1931年，教育部所任校长吴南轩独揽大权、蔑视教授人格，携印入城，断绝学校资金并暗示武力解决，学生护校委员会和教授会迫使教育部将其撤职。10月14日，任命梅贻琦为校长，其在任17年中，对学校建设贡献巨大，确定了清华著名学府地位。其办学理念“所谓大学者，非谓有大楼而谓也，有大师而谓也”被广为推崇。
1935年秋，在日军危及华北之时，校内成立学生自治会救国委员会，学生蒋南翔草拟《告全国民众书》，喊出：“华北之大，已经安放不得一张平静的书桌了！”。1935年12月9日，一二·九运动爆发，清华大批学生参加了该运动，高呼“打倒日本帝国主义”、“停止内战、一致抗日”等口号。
1937年抗日战争爆发，北平沦陷。清华奉令与北大、南开在长沙组建国立长沙临时大学，三校校长组成校务委员会，共治校务。10月25日，临大开学，清华学生、教职工占半数左右。1938年初，武汉危急，学校组织师生分海陆三路艰难到达昆明。临大改为国立西南联合大学，设常务委员会，梅贻琦长期任主席。5月4日，联大开课，三校师生在条件极其艰苦的情况下开展教学、科研工作。期间学生参与青年从军运动，应征飞虎队翻译、入缅作战、参加印度远征军。
联大期间，清华还单独设立昆明办事处、研究院和特种研究所。特种研究所依靠庚款基金利息，拥有农业、航空、无线电、金属、国情普查五个研究所，服务军事研究。日本占领期间，野战医院152病院等占据清华，清华园遭到破坏，建筑物、设备、图书损坏严重，留守教职工被害。
1945年日本投降后，学校开始修缮清华园。次年联大结束，三校复员。清华在战争伤痕下努力恢复发展，到1948年，校园扩大，并扩充农学、气象学、法学、航空工程等院系。
1948年11月24日，在中国人民解放军进攻下，国民政府教育部督学前来谈迁校事宜，并接走清华5位教师。12月13日，解放军进军至西郊，绕开圆明园和清华、燕大，占领丰台。中央军委主席毛泽东指示保护清华、燕京等校。解放军与国军战于学校墙外，不久后国军退守城内。15日，解放军进驻海淀镇，清华园成为华北地区最早被解放军占领并宣告解放的高校。12月18日，解放军第13兵团政治部张贴布告宣布严加保护学校，阻止抢掠。
梅贻琦校长于12月14日因公入城，留在城内，后于21日乘飞机前往南京。12月17日，校务会议推举冯友兰为临时主席，代理主持校务。 1949年—现今
1949年中华人民共和国成立，中华民国政府迁守台湾。梅校长赴欧，后往纽约与中华教育文化基金董事会会商清华基金保管及运用事宜。自1951年开始以清华基金利息协助在美学人研究，并赠送学术书刊仪器给台湾专科以上学校。1955年，“中美合作研究原子能和平用途协定”正式签字，政府决定设立原子科学研究机构，发展原子科学之研究，乃电召梅贻琦校长返国筹议。并于同年12月，由行政院组设清华大学研究院筹备委员会，以教育部长张其昀，清华大学校长梅贻琦，国防、外交、财政、经济四部代表，暨蒋梦麟、浦薛凤、钱昌祚，陈雪屏、钱思亮、金开英、洪绅诸先生为委员。会中决定：
校址设于新竹赤土崎。 先设原子科学研究所，招收研究生。 开办费及建筑费请政府核发，图书仪器费由清华基金支付。
1956年1月，即在台北成立筹备处，以陈可忠为主任；清华在台复校工作由此开始。名为复校，实为建校：择地、建屋、购置图书仪器、装配实验室，一切都得从头做起。复校后，梅贻琦继任校长，直到1962年5月病逝为止，前后共31年之久。1963年，梅校长葬于于清华校园中“梅园”（非衣冠冢）以志纪念。[30]
清华复校的校址设于新竹，土地由中国石油公司（今台湾中油公司）拨让42甲，连同新竹县政府赠送土地约34甲，又陆续收购民地，总校址面积达86甲余，约合1300市亩。接收之后，即着手兴建校舍，其建筑先后依次为办公大楼及东院教授宿舍、天然气柜、物理馆、新南院教授宿舍、单身教授宿舍、反应器馆、核工馆、科仪馆。建设校舍之同时，亦着手准备招生授课。1956年9月，即招考原子科学研究所首届研究生，录取21人，先假国立台湾大学上课。课程为二年制，毕业授理学硕士学位。次年，首批校舍（办公室、教授住宅及职员、学生宿舍）完工，秋季即开始在新竹上课。
在筹备仪器设备方面，梅校长于1956年赴美洽聘教授的同时，亦洽订原子反应器及订购仪器，并洽拨基金年息。同年，向美国订购范氏加速器，于1958年7月开始安装，次年春安装完成。当时原子科学研究所最重要的设备为清华开池反应器，于1961年4月13日达到临界。这座反应器系于1958年3月和美国奇异公司签约，1958年冬开始兴建，1961年12月2日在台北举行正式落成典礼，共耗资美金105万元。值得一提是此项水池式反应器（俗称原子炉）土木工程由华泰建筑师张昌华设计，装置工程乃由清华自行设计施工，机件装置时，由中国石油公司、台湾电力公司、台湾铝业公司分别派员操作，并得经济部联合工业研究所之协助，为国内工业界与学术界首次密切合作之成果。梅校长于1962年5月19日病逝于台大医院后，为纪念梅校长，特命名反应器实验馆为“梅贻琦纪念馆”。
1962年夏，因鉴于数学之重要性与日俱增及国内缺乏大专学校的师资，为培植数学研究人材、充实大专数学师资、并加强原子科学研究之数学课程，增设了数学研究所，于1963年春季招考第一届研究生。1964年，恢复大学部，先设置核子工程及数学两系，参加联合招生。1965年，增设物理系，1966年又增设化学系。同年7月，成立物理研究所，隔年设立博士班。1968年成立化学研究所，招收第一届研究生，后犹继续成立各种所系。
徐贤修校长任内，期许“清华成为新工业的发源地”，大幅增设工程学系：1972年成立材料科学工程学系、工业化学系（1979年更名为化学工程学系）、动力机械工程学系，1974年成立工业工程学系（1998年改名为工业工程与管理科学系），并将原有所系分设三学院，即理学院、工学院、原子科学院。1988年理学院增设统计学研究所，2001年成立天文研究所，2006年增设理学院学士班，成为三个学系、一学士班、二个独立研究所的学院。2002年工学院成立微机电系统工程研究所（2007年更名为纳米工程与微系统研究所），2007年增设工学院学士班，成为四个学系、一学士班、一独立研究所规模的学院。1992年原子科学院增设原子科学系（2006年更名为生医工程与环境科学系），2007年成立核子工程与科学研究所，2009年增设原子科学院学士班，达到二个学系、一学士班、一独立研究所的学院规模。
清大为恢复清华传统之综合大学，陆续设立中国语文学系（1980年）、外国语文学系（1982年），毛高文校长任内，委请沈君山教授筹备人文社会学院，1984年正式成立，将中国语文学系与外国语文学系纳入，并成立经济系（2005年改隶科技管理学院），是台湾首次使用此名称的学院。1985年增设历史研究所，为清华人文社会学院的第一个研究所，以中国思想史为教学研究之重心，同时配合清华理工科之特色，亦注重科技史之研究。之后陆续成立语言学研究所（1986年）、社会人类学研究所（1987年成立，1998年改设为社会研究所及人类学研究所）、哲学研究所（1994年），2002年增设台湾文学研究所、人文社会学系（2008年改名为人文社会学院学士班），成为二个学系、一学士班、六个独立研究所规模的人文社会学院。
清大于1974年设立分子生物研究所，为台湾第一所专门致力于分子生物学之研究所，开始迈向生命科学之研究。因鉴于生物科技的突飞猛进及其在医、农及工业等应用技术的拓展，清大乃于1982年毛高文校长任内，成立生命科学筹备小组，厘定生命科学发展方向，并逐步推行，1985年扩编分子生物研究所并更名为生命科学研究所。刘兆玄校长任内，聘请沈君山教授筹划生命科学院，1991年增设生命科学系及生物医学研究所，次年成立生命科学院，成为一系二所、台湾第一个生命科学院。鉴于全球生命科学发展迅速，2002年生命科学院调整为生命科学系、分子与细胞生物研究所、分子医学研究所、生物资讯与结构生物研究所、生物科技研究所，之后于2008年增设系统神经科学研究所、生命科学院学士班，2010年成立医学科学系，达到二个学系、一学士班、五个独立研究所的学院规模。
因应1994年新大学法通过，1995年沈君山校长任内，修订清大组织规程，将通识教育中心、艺术中心、体育室、军训室纳入共同教育委员会，是台湾第一个为大学部学生提供跨专业共通课程的学院层级单位。同年，成立教育学程中心（后改名为师资培育中心），提供中小学师资之职前教育课程。此外，共同教育委员会于2010年，成立学习科学研究所。
1970年代，台湾资讯、通讯、电子产业尚在草创阶段，清大理学院应用数学研究所（1972年成立，1996年并入数学系）设有计算机组，1977年该组从应用数学研究所分出，成立计算机管理决策研究所（1988年改名为资讯科学研究所，1990年成立大学部，1997年再更名为资讯工程学系），为台湾第一个踏入资讯科学的研究所。工学院于1976年增设电机电力工程学系（1979年改名为电机工程学系），1996年成立电子工程研究所。1990年代互联网（Internet）应用蓬勃发展，台湾资讯、通讯、电子产业起飞，沈君山校长委由陈文村教授规划电机资讯学院。1997年沈校长任内，教育部核定电资院之成立，次年刘炯朗校长任内，增设电资院，将资讯工程学系、电机工程学系、电子工程研究所改隶电资院。之后分别于1999年、2001年、2003年成立通讯工程研究所、资讯系统与应用研究所、光电工程研究所，2008年增设电机资讯学院学士班，成为二个学系、一学士班、四个独立研究所规模的学院。
为了提升台湾科技产业全球竞争力，2000年刘炯朗校长任内，成立科技管理学院，设有科技管理研究所、科技法律研究所、计量财务金融学系，为台湾首创以“科技管理”为教学研究重点的管理学院。2005年经济学系由人文社会学院改隶科技管理学院，2006年增设科技管理学院学士班、国际专业管理硕士班(International MBA)，2008年成立服务科学研究所，达到二个学系、一个学士班、三个独立研究所、一个全英语硕士学位学程的学院规模。
清大为给学生先入学、了解志趣后再选系之机会，在陈文村校长任内，推行各学院院招生，强调跨院系教育、大一不分系，于2006年先增设理学院、科技管理学院学士班，逐年推至各学院，迄2009年，全校所有学院均设有院招生学士班。另外在2008年陈校长任内，创立台湾第一个强调住宿学院（Residential College）教育的“清华学院”，撷取世界顶尖大学住宿学院之精神，融合清华特色，带给清华学子崭新的学习与校园生活环境。[31]
张明哲校长任内，清大为了整合全校研究及对外合作，规划成立研究发展委员会，于1981年毛高文校长任内，正式设置（1995年修订清大组织规程时，纳入正式编制，更名为研究发展处），是台湾各大学中第一个研究发展行政单位，下设各研究中心。1983年为配合推动国防科技发展，与中山科学院合作成立自强科学研究中心，为推动跨院所系的教学与研究，成立校内原子科学技术发展中心及科学仪器中心。1984年依行政院“加强培育及延揽高级科技人才方案”，成立材料科学中心，为全台大学中四大重点科技中心之一。之后陆续成立电脑与通讯科技研发中心（1994年）、集成电路设计技术研发中心（2000年）、纳米与微系统科技中心（2001年）、脑科学研究中心（2002年）、当代中国研究中心（2003年）、能源与环境研究中心（2004年）等校级研究中心。
清大为执行“发展国际一流大学及顶尖研究中心计划”、整合清华重点领域研究，于2006年陈文村校长任内，合并材料科学中心、纳米与微系统科技中心成为奈微与材料科技中心，成立生物医学科技研发中心（2007年）、人文社会研究中心（2007年）、基础科学研究中心（2008年）。此外，1997年行政院国家科学委员会在清大校园中，设有国家理论科学研究中心，分为数学组与理论物理组，与校内、外学者互动频繁；清大为鼓励研究成果转为产业价值，1999年成立创新育成中心，绩效优异。[32]
清华大学还有一项值得讲述的特色，是1969年与国立交通大学联合举办的“梅竹锦标对抗赛”（包括球类比赛、接力、拔河、棋桥、中英文演讲及辩论等项目）。梅竹锦标赛，系分别纪念清华与交大有卓越贡献之清华前校长梅贻琦先生与交大前校长凌竹铭先生，“梅”代表清华大学，“竹”代表交通大学，以梅竹冰清高洁，并立于岁暮严寒，代表两校友谊永固及合作无间，克服困难之精神。多年来，梅竹赛已经形成清、交的校园文化传统。
综观清华历史，新竹清华所呈现的气象，实与之前的清华南辕北辙。例如北京清华的校长风波，教授会与学生会的力量颇具决定性；新竹清华就鲜少有类似情形，校长的人选一直是教育部委派，直至1990年代才有校长遴选的活动，可见新竹清华学风之异于前。事实上，新竹清华几十年来即已形成了迥异于前的校园文化传统。1980年代以来，两岸清华交流日渐频繁；1995年沈君山校长率团访问北京清华，签定“海峡两岸清华大学交流合作备忘录”，交往日益热络；2009年陈文村校长再次率团访问北京清华，签定“两岸清华大学学术交流与合作备忘录”暨“两岸清华大学教师与学生交流协议”，除加强两校之师生、学术交流外，并各自提拨基金，支持两岸清华共同研究计划之进行[33]；次年北京清华顾秉林校长率团回访新竹清华，两岸清华交流与合作更加密切。[34]
整体而言，新竹清华大学建校初期重点为原子科学，其后则扩展至理工方面，1980年代以来开始发展人文社会、生命科学、电机资讯与科技管理；清华大学目前设有七个学院、十七个学系、七个学士班及二十三个独立研究所，已成为学科均衡发展的综合研究型大学。2006年以来，在教育部推出的“发展国际一流大学及顶尖研究中心计划”及“迈向顶尖大学计划”清大获选为重点补助的学校，正稳健地迈向世界一流学府之林。