生态遗传学（ecological genetics），群体遗传学与生态学相结合的遗传学分支，研究生物群体对生存环境的适应以及对环境改变所作出反应的遗传机理。环境的改变如果只引起生物表型上的变化，那是生态学研究的内容；只有当环境的改变造成生物遗传上的变化并在群体中保留下来，才是生态遗传学研究的范畴。生态遗传学不仅研究在自然条件下生物发生遗传变化的长期效应(进化)，而且也研究在人工条件下发生遗传变化的短期效应（育种） ，这些研究对进化遗传学、群体遗传学、数量遗传学和动植物、微生物育种等有关学科的发展有很大意义。
