朱祖佑（汉语拼音：Zhu Zuyou，1909～ ），中国海洋学家。1909年5月9日生于浙江海宁。1933年毕业于山东大学。曾获美国华盛顿大学博士学位。1935年后任青岛观象台海洋科研究员，抗日战争期间曾在四川省和江西省气象所任职。1948年后，历任台湾省气象所技正兼研究室主任、台湾大学教授、华盛顿大学海洋系客座研究员；1968年创办台湾大学海洋研究所，是首任所长；还曾兼任台湾师范大学等校教授。早期参加过中国近海海洋调查，50年代以后主要从事台湾邻近海域的黑潮研究。参加过国际印度洋考察、黑潮及邻近水域合作调查，是中国最早系统调查研究黑潮的学者。
