蓝菌（汉语拼音：lán jūn），（Cyanobacteria；blue-green bacteria），蓝藻界蓝藻门生物的统称。为一类能进行光合作用的原核生物，又称蓝藻。属于藻类植物中最简单、最低级的类群。藻体为单细胞、群体或多细胞丝状体，细胞不具鞭毛，不产生游动细胞，部分丝状体种类能伸缩或左右摆动。颜色有绿、蓝、红等。细胞壁两层，壁外常形成粘性胶质鞘，故又称粘藻。细胞内原生质体分成周质和中央质。周质内有色素，又叫色素质，内含核糖体、贮存物、液泡、假液泡和有光合色素的细胞质层片。中央质又叫中央体，是拟核，为一环状DNA分子。繁殖方式主要为细胞分裂和丝状体藻体断裂。
