脊索（汉语拼音：jǐ suǒ），（notochord），脊索动物原始的中轴骨骼。位于消化管的背面，神经管的腹面，有弹性，不分节，伸延全身，成为支持身体的一条棒状支柱。脊索和背神经管、鳃裂一起，构成脊索动物门的3大特征，而区别于无脊椎动物。一切脊索动物在早期发育阶段都具有脊索，但是，只有少数低等脊索动物如文昌鱼才终生保留，多数脊椎动物（脊椎动物是脊索动物门中的一个亚门）则只在胚胎时期有脊索，以后就被新的支持结构脊柱所代替，脊索本身仅留残余或完全退化。
脊索的结构在各类脊索动物里不尽相同，也不总是由泡细胞组成。脊索是脊柱的前驱，脊柱是脊索的承替。在不同鱼类中，可看到脊柱逐渐代替脊索的过程。
